ד"ר שיפר הקימה את מרכז מנדל למנהיגות בנגב ומנהלת אותו משנת 2004. היא הקימה וניהלה את מכון מנדל למנהיגות חינוכית וחברתית בירושלים, כיהנה כמדענית ראשית בנציבות שירות המדינה וכממונה על ביקורת מערכת החינוך במשרד מבקר המדינה. ד"ר שיפר מרצה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב בתכנית לניהול מלכ"רים ועורכת את כתב העת "חברה אזרחית ומגזר שלישי בישראל". במסגרת פעילותה הציבורית היא חברה בוועדה לאתיקה במגזר הציבורי במרכז לאתיקה ציבורית ובמועצה הבינלאומית של הקרן החדשה לישראל. בעבר כיהנה כחברת הנהלה ויו"ר ועדת המענקים של ארגון זה. ד"ר שיפר פרסמה מחקרים על החברה האזרחית בישראל, על הזכות לחינוך בקהילות סגורות ועל החינוך בקהילה החרדית בישראל.