המרכז מקיים פעילויות בדגמים שונים:

תוכניות מנהיגות יישוביות
תוכניות מנהיגות יישובית הן תוכניות "מכוונות מקום". מטרתן ליצור קבוצות מנהיגות מקומיות הכוללות בעלי תפקידים ופעילים בעלי יכולות ומחויבות לקהילותיהם ולחברה ככלל. קבוצות אלו יפעלו על בסיס חזון מקצועי וחברתי, ויהיו מעורבות בהובלת תהליכי שינוי. כהכנה לכל תוכנית מתבצעת למידה מקדימה של היישוב, כאשר כל תוכנית מתוכננת ומותאמת ספציפית לצרכי המקום.

פורומים למנהיגות מקצועית
פורומים למנהיגות מקצועית מיועדים לקבוצות של אנשי מקצוע ולבעלי תפקידים בכירים, במשרדים הממשלתיים, ברשויות המקומיות ובארגונים הפועלים בנגב. פורומים אלו עוסקים בסוגיות מרכזיות הנוגעות למקצוע או לתפקיד של משתתפיהם.
התרומה הייחודית של מרכז מנדל לפורומים טמונה ביצירת מסגרת להתפתחות הפורום וכן בהצעת דרכי התבוננות וניתוח חדשות לסוגיות המקצועיות. דרכי התבוננות אלו נובעות מתחומי תוכן ושדות מושגיים מגוונים כגון פילוסופיה, מנהיגות, משפט, מדעי המדינה ועוד. הפורומים מאפשרים למשתתפים התחדשות מקצועית ורענון של נקודת המבט, הכלים המקצועיים ועולמות התוכן השונים.

בית ועד
בית המרכז משמש גם כבית ועד ציבורי בו נדונים ונלמדים ענייני חינוך וחברה הנוגעים לכלל הנגב ולתושביו. המרכז מארח פעילויות והתכנסויות רבות (ועדות ציבוריות, כוחות משימה מקצועיים וכולי), כשמידת מעורבותו בפעילויות הללו משתנה בהתאם לנושא ובהתאם לבקשת היוזמים – משרדי ממשלה, רשויות מקומיות, ארגונים ועוד. בין הנושאים שנדונים ונלמדים במסגרת זו: פורום ארגונים העוסק בכלכלה מקומית מקיימת, סוגיות בתכנון אורבני של באר-שבע, נושאי חינוך בבאר שבע ("צוותא בחינוך" ביזמת עיריית באר שבע) ועוד.